您和您的伴侣经历了两次孕育历程，其中一次胎停让人深感困扰。针对您的描述，我对您的状况有以下看法和建议。
您的伴侣的精子畸形率检查结果确实偏高，其中头部缺陷的精子数量较多。畸形的精子受孕的概率是存在的，但如果成功受孕，有可能会因为受精卵质量不高而导致胎停或者自然流产。治疗畸形的精子非常重要。具体的治疗方案需要结合医生的建议和药物的治疗周期进行。精子的生成周期是80天左右，所以治疗过程需要耐心。在此期间，可以尝试通过调整生活习惯，如、戒酒、保持良好的作息和饮食习惯等方式来改善精子质量。
关于您的孕酮低的问题，孕酮在维持妊娠中起着重要作用。孕酮低可能会导致胎停或者影响胎儿的正常发育。您可以在医生的指导下，在排卵后补充黄体酮胶丸来辅助怀孕，有助于胚胎着床。怀孕后也需要持续监测孕酮水平，必要时继续补充。
关于精子畸形率和胎停的关系，不同的专家可能会有不同的看法和说法。畸形率过高确实会影响受孕和妊娠的结果。按照2010年WHO的标准，精子畸形率在96%以下是比较理想的范围。但具体的标准还需要结合不同医生的看法和的医学研究成果来确定。
你们的情况还建议进行染色体检查，以排除遗传因素的影响。还需要考虑其他可能导致胎停的因素，如免疫性因素、内分泌性因素等。建议到不孕不育专科医院进行全面的检查，明确胎停育的原因，然后针对性治疗。
您和您的伴侣需要积极配合医生的治疗和建议，调整生活习惯，保持良好的心态，耐心等待治疗的结果。也需要做好心理准备，面对可能的治疗过程中的困难和挑战。希望你们的家庭能够早日迎来健康的宝宝。
